이봐! 미생물 데이터 분석 서비스를 제공하는 사람으로서, 나는 미생물 데이터에 적합한 시퀀싱 플랫폼을 선택할 때 두껍게 해왔습니다. 연구 또는 분석 프로젝트를 만들거나 깨뜨릴 수있는 중요한 결정입니다. 따라서이 선택을 할 때 고려해야 할 요소를 다루겠습니다.
비용
명백한 것, 비용으로 시작합시다. 시퀀싱은 비쌀 수 있으며 가격표는 플랫폼에 따라 크게 다를 수 있습니다. 시퀀싱 머신 자체의 가격과 같은 선행 비용에 대해 생각해야합니다. 일부 플랫폼은 예산이 뛰어나고 친절한 반면, 다른 플랫폼은 높고 끝이 높고 가격이 큰 가격으로 제공됩니다.
그런 다음 지속적인 비용이 있습니다. 여기에는 시퀀싱 프로세스에 사용되는 시약과 같은 것들이 포함됩니다. 일부 플랫폼에서는 더 비싼 시약을 사용하여 시간이 지남에 따라 추가 할 수 있습니다. 또한 데이터 저장 및 분석 비용을 고려해야합니다. 높은 처리량 시퀀싱은 수많은 데이터를 생성하며 저장 및 분석 비용이 많이들 수 있습니다.
예산이 적은 소규모 실험실 또는 프로젝트의 경우 비용이 종종 결정 요인입니다. 그러나 플랫폼이 더 효율적이고 저렴한 시약이 필요하면 약간 더 선불을 지불하면 장기적으로 돈을 절약 할 수 있습니다.
처리량
처리량은 시퀀싱 플랫폼이 주어진 시간에 생성 할 수있는 데이터의 양을 나타냅니다. 수백 또는 수천 개의 미생물 샘플의 게놈을 시퀀싱하는 것과 같이 대규모 스케일 프로젝트에서 작업하고 있다면 처리량이 높은 플랫폼이 필요합니다.
높은 처리량 플랫폼은 여러 샘플을 동시에 처리하여 시간과 비용을 절약 할 수 있습니다. 반면에, 한 번에 몇 개의 샘플 만 작업하는 경우 더 낮은 처리량 플랫폼이 충분할 수 있습니다. 저렴하고 관리하기가 더 쉬울 수 있습니다.
예를 들어, 사용하는 경우 a미생물 성장 곡선 분석기소수의 미생물 균주의 성장을 연구하기 위해서는 매우 높은 처리량 시퀀싱 플랫폼이 필요하지 않을 수 있습니다.
길이를 읽습니다
읽기 길이는 또 다른 중요한 요소입니다. 시퀀싱 플랫폼이 한 번에 읽을 수있는 것은 DNA 또는 RNA 단편의 길이입니다. 더 긴 읽기 길이는 특정 유형의 분석에 정말 유용 할 수 있습니다.
예를 들어, 완전한 미생물 게놈을 조립하려는 경우 더 긴 읽기 길이는 틈을 메우고보다 정확한 그림을 얻는 데 도움이 될 수 있습니다. 또한 게놈의 구조적 변화를 감지하는 데 더 나을 수 있습니다.
그러나 읽기 길이가 길어지는 플랫폼은 종종 처리량이 낮으며 더 비쌀 수 있습니다. 따라서 비용 및 처리량과 같은 다른 요구 사항과 장기 읽기의 요구에 맞게 균형을 맞춰야합니다.
정확성
미생물 데이터 분석과 관련하여 정확도는 중요합니다. 선택한 시퀀싱 플랫폼이 신뢰할 수 있고 정확한 결과를 제공 할 수 있는지 확인하려고합니다.
일부 플랫폼은 높은 정확도로 알려져 있지만 다른 플랫폼은 오류율이 높을 수 있습니다. 미생물 집단의 진화를 연구하거나 특정 유전자를 식별하는 것과 같은 정확한 유전자 정보가 필요한 연구를 수행하는 경우 높은 정확도 플랫폼이 특히 중요합니다.
정확도는 샘플의 품질 및 사용 된 데이터 분석 방법과 같은 다른 요인의 영향을받을 수 있습니다. 그러나 좋은 시퀀싱 플랫폼은 정확한 결과를위한 견고한 기반입니다.
사용 편의성
모든 사람이 시퀀싱 전문가가 아니라는 것은 아닙니다. 따라서 시퀀싱 플랫폼의 사용 편의성은 큰 문제입니다. 운영 및 유지 관리가 쉬운 플랫폼은 많은 두통을 절약 할 수 있습니다.
사용자 - 친절한 소프트웨어 및 명확한 지침과 함께 제공되는 플랫폼을 찾으십시오. 일부 플랫폼은 교육 및 지원을 제공하므로 시퀀싱을 처음 접한다면 실제로 도움이 될 수 있습니다.
실험실에 숙련 된 초보자가 혼합 된 경우 쉽게 사용하는 플랫폼은 모든 사람이 시퀀싱 프로세스에 기여할 수 있도록 할 수 있습니다.
기존 장비와의 호환성
실험실에 이미 미생물 분석을위한 장비가 있으면 호환되는 시퀀싱 플랫폼을 선택해야합니다. 이를 통해 새로운 장비 구매 비용을 절약하고 시퀀싱을 기존 워크 플로에보다 쉽게 통합 할 수 있습니다.
예를 들어, 사용하는 경우자동 미생물 성장 곡선 분석기, 분석기가 생성 한 데이터와 완벽하게 작동 할 수있는 시퀀싱 플랫폼을 원할 수도 있습니다.
데이터 분석 기능
시퀀싱 데이터를 얻으면 분석 할 수 있어야합니다. 다양한 시퀀싱 플랫폼에는 다른 데이터 분석 도구가 제공됩니다.
일부 플랫폼은 읽기 정렬 및 유전자 식별과 같은 기본 분석을 수행 할 수있는 소프트웨어로 구축됩니다. 다른 사람들은 세 번째 파티 소프트웨어를 사용해야 할 수도 있습니다.
데이터 분석 요구에 대해 생각해보십시오. 실험실에 생물 정보학 팀이 있다면 세 번째 파티 도구로 복잡한 분석을 처리 할 수 있습니다. 그러나 많은 생물 정보학 지원이없는 소규모 실험실이라면 분석 도구에서 쉽게 구축 된 플랫폼이 더 나은 선택 일 수 있습니다.
커뮤니티 지원
시퀀싱 커뮤니티는 훌륭한 자원이 될 수 있습니다. 크고 활발한 사용자 커뮤니티가있는 플랫폼을 찾으십시오. 이것은 자신의 경험을 공유하고 문제를 해결하고 조언을 제공 할 수있는 더 많은 사람들이 있음을 의미합니다.
동일한 플랫폼의 다른 사용자와 연결할 수있는 온라인 포럼, 컨퍼런스 및 워크샵을 찾을 수 있습니다. 특히 시퀀싱 프로세스 중에 문제가 발생하면 실제로 도움이 될 수 있습니다.
공급 업체 평판
공급 업체의 명성도 중요합니다. 고품질 제품 및 서비스를 제공하는 실적이 좋은 회사와 협력하고 싶습니다.
다른 사용자의 리뷰 및 평가를 찾으십시오. 공급 업체가 기술 지원 및 유지 보수 서비스를 포함하여 좋은 고객 지원을 제공하는지 확인하십시오. 신뢰할 수있는 공급 업체는 시퀀싱 프로젝트의 장기적인 성공에 큰 차이를 만들 수 있습니다.
미래 - 교정
마지막으로, 당신은 미래에 대해 생각하고 싶습니다. 기술은 끊임없이 발전하고 있으며 몇 년 안에 쓸모 없게 될 시퀀싱 플랫폼에 투자하고 싶지 않습니다.
적극적으로 개발되고 업데이트되는 플랫폼을 찾으십시오. 연구 개발에 전념하는 공급 업체는 시간이 지남에 따라 새로운 기능과 개선을 제공 할 가능성이 높습니다. 이를 통해 시퀀싱 플랫폼이 앞으로 몇 년 동안 관련성 있고 유용 할 수 있습니다.
결론적으로, 미생물 데이터 분석을위한 올바른 시퀀싱 플랫폼을 선택하는 것은 여러 요인을 신중하게 고려해야하는 복잡한 결정입니다. 이러한 요소를 평가하기 위해 시간을 내면 연구 또는 분석 프로젝트의 요구를 충족시키는 정보에 입각 한 선택을 할 수 있습니다.
미생물 데이터 분석 서비스에 대해 더 많이 배우거나 올바른 시퀀싱 플랫폼을 선택하는 데 도움이 필요한 경우 주저하지 마십시오. 우리는 모든 단계를 도와주고 미생물 데이터를 최대한 활용할 수 있도록 도와줍니다.
참조
- Metzker, ML (2010). 시퀀싱 기술 - 차세대. Nature Reviews Genetics, 11 (1), 31-46.
- Goodwin, S., McPherson, JD 및 McCombie, WR (2016). 다가오는 시대 : 10 년의 다음 세대 시퀀싱 기술. Nature Reviews Genetics, 17 (6), 333-351.
